Futbol yaşantısını Gençlerbirliği takımının alt yapısında başlayan Soner Aydoğdu 1991 yılında Ankara Mamak’da dünyaya gelmiştir. Oğlak burcudur.
2009 yılında Hacettepe takımına 350 Bin Euro bedel ile kiralanmış 2010 yılında tekrar Gençlerbirliği takımına dönmüştür. 2012 yılında ise 2.25 Milyon Euro transfer bedeli ile Trabzonspor’a imza atmıştır. 2016 yılında ise Akhisarspor takımına takas anlaşması ile transfer olmuştur.
Bugüne kadar Türkiye U16 takımında 11, U17 takımında 25, U18 takımında 2, U19 takımında 16, U20 takımında 2, U21 takımında 9, Türkiye A2 takımında 5, Türkiye A Milli takımında ise 2 kez forma giymiştir.
5 kardeş olan Soner Aydoğdu’nun iki abisinin amatör olarak futbol oynadığını, ablasının ise Tıp Fakültesinde eğitim gördüğünü, o dönemlerde ciddi anlamda maddi sıkıntılar yaşadığını belirtmiştir. Aslen Ankara’lıdır, 2006 yılında babasını yitirmiştir.
Bir çok kez Galatasaray takımının transfer edebileceği yönünde haberler ile gündeme gelmiş, 2018 yılında ise son yılların başarılı ekiplerinden Başakşehir takımı ile 3 yıllık sözleşme imzalamıştır.