İlhan Bardakçı ve Nemika Bardakçı çiftinin evladı olarak 1955 yılında İstanbul Pakize Hanım Doğum Kliniğinde dünyaya gelen Murat Bardakçı’nın dedesi Konya, Denizli, Elazığ ve Çorum’da valilik yapan Milli Mücadele kahramanlarından Cemal Bardakçı’dır.
Ankara Üniversitesi Ekonomi Bölümü mezunu olmuş ancak asıl ilgi alanı tarih olunca tarih konusunda uzmanlaşmıştır.
Habertürk yazarlığı ile geçmişten günümüze tarihi aktarmaya devam eden Murat Bardakçı 2009 yılında Ayşegül Manav ile evlenmiştir. Tarihin Arka Odası isimli T.V. programını hazırlayıp sunmaktadır.
Arapça, Farsça, Fransızca, İngilizce ve Osmanlı Türkçesini bilmektedir. İstanbul Şişli doğumludur dede tarafından kökeni 1820’li yıllara kadar Balıkesir Burhaniye’ye dayanmaktadır.