Mehmet Perinçek 1978 yılında İstanbul’da doğmuştur. Babası İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek, annesi ise Şule Hanımdır. 1970 doğumlu Zeynep, 1976 doğumlu Kiraz ve 1994 doğumlu Sadık Can isimlerinde üç kardeşi vardır. Baba tarafından aslen Erzincan Kemaliye İlçesi Apçağa Köyü nüfusuna bağlıdır.
Faik Reşit Unat İlköğretim Okulu ve Cağaloğlu Anadolu Lisesi’ni tamamlamış ardından burs ile Rusya’da Nijni Novgorod’da 35. No’lu lise eğitimini sürdürmüş ve Türkiye’ye döndüğünde İstanbul Üniversitesi Hukuk Fakültesi’nden mezun olmuştur. Aynı üniversitede araştırma görevlisi olarak çalışmaya başlayan Mehmet Perinçek daha sonra Moskova Uluslararası İlişkiler Devlet Enstitüsü ve Moskova Devlet Üniversitesi Asya ve Afrika Ülkeleri Enstitüsünde misafir araştırma olarak çalışmalar gerçekleştirmiştir.
Uzun yıllardır Rus Sovyet devlet arşivlerinde Türk Sovyet İlişkileri ve Ermeni Meselesi üzerine araştırmalar yapan Mehmet Perinçek bunların üzerine bir çok makale ve kitapları yayınlanan isimdir. Bu dönemde Doktora tezini yazan Perinçek’in toplam beş kitabı Azerbaycan Türkçesi, Farkça, Almanca ve Rusça dillerinde yayınlanmıştır.
Ayrıca Rusça’dan Türkçe’ye çevirdiği şiir ve kitapları bulunan Mehmet Perinçek İngilizce, Osmanlıca, Almanca ve Rusça dillerini bilmektedir.