2005 – 2015 yılları arasında Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanı olarak görev yapan Mehdi Eker bu görevinin ardından Adalet ve Kalkınma Partisi Diyarbakır Milletvekili olarak mecliste yer almıştır. 2015 Türkiye Genel Seçimlerinde 3. dönem kuralı neticesinde AK Parti’den tekrar aday gösterilememiştir.
Annesi Fehime Hanım, babası ise Abdullah Bey’dir. Yedi kardeşin beşincisi olarak Diyarbakır, Bismil İlçesine bağlı olan Tepe beldesinde dünyaya gelmiştir. İlköğretim eğitimini köyünde tamamlamış ardından Diyarbakır merkez’de Ortaokul ve Liseyi bitirmiştir. Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesinden mezun olan Mehdi Eker İngiltere University of Aberdeen’de Yüksek Lisans, Ankara Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsünde ise Doktorasını yapmıştır.
İyi derecede Arapça, Kürtçe, Farsça ve İngilizce bilen Mehdi Eker Yasemin Eker ile evlidir. Bu evliliğinden Feyza, Süeda ve Yasin isimlerinde üç evladı vardır. Tarımdan Kültüre Agrostrateji ve Türkiye Tarımının Değişim ve Süreci: Buğday ile Koyun Gerisi Oyun isimli iki kitabı vardır.
Bugüne kadar Türkiye Cumhuriyeti’n tarihinde Tarım Bakanlığı görevini en uzun süre yerine getiren Bakan’dır.