Halil Berktay Lise öğrenim hayatını Robert Kolej’inde tamamlamış ardından Yale Üniversitesi’nde ekonomi alanında lisans ve lisansüstü eğitimini 1968 yılında tamamlamıştır. Tarih doktorasını ise Birmingham Üniversitesi’nden 1981 senesinde almıştır.
Prof. Dr. Halil Berktay 1969-71 ve 1977-83 yılları arasında Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi İktisat Tarihi ve İktisadi Doktrinler kürsüsünde, 1991-93 yılları arasında ODTÜ ve 1993 ve 1998 yılları arası Boğaziçi Üniversitesi Tarih bölümlerinde öğretim üyeliği yapmış, ayrıca yurt dışında, Birmingham Üniversitesi ve Harvard Üniversitesi’nde ders vermiştir.
Boğaziçi Üniversitesi Atatürk Enstitüsü müdür yardımcılığı görevide yapan Halil Berktay 1989 ve 1993 yılları arasında Ana Britannica Ansiklopedisi tarih danışmanlığı yapmıştır. Türkiye Ekonomik ve Toplumsal Tarih Vakfı kurucu üyelerinden ve günümüzdede Sabancı Üniversitesi Sanat ve Sosyal Bilimler Fakültesi’nde öğretim üyesidir.
Yazmış olduğu kitaplar, İnkilap Tarihi Dersleri Nasıl Okutulmalı?, Osmanlı İmparatorluğu’nun Ekonomik ve Sosyal Tarihi, Özgürlük Dersleri & Taraf Yazıları, Weimar Türkiyesi, Tarihçi Gözüyle Siyaset ve Yaşadığımız Şu Korkunç Otuz Yıl.
Bir dönem Taraf gazetesinde köşe yazarlığı yapan Berktay İzmir doğumludur.
Eski eşi İstanbul Üniversitesi, Kadın çalışmaları Anabilim dalı öğretim üyesi Fatmagül Berktay’dır.