Emre Kongar’ın babası Şişli Terakki ve Pertevniyal Liselerinde Felsefe öğretmenliği yapmış olan İhsan Kongar annesi ise Şişli Terakki Lisesi ve Zapyon Kız Lisesinde felsefe öğretmenliği yapmış olan Mesude Kongar’dır. Emre Kongar 1941 yılında İstanbul’da doğmuştur.
Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi Maliye ve İktisat Bölümü’nden mezun olmuştur. 1964 senesinde BM bursu ile Sosyal Bilimler eğitimi için Amerika’ya gitmiş, 1966 senesinde Michigan Üniversitesinde master ünvanı ile mezun olmuştur. Aynı sene Türkiye’ye dönüş yaparak Hacettepe Tıp ve Sağlık Bilimleri Fakültesinde öğretim görevlisi olarak hizmet vermeye başlamıştır.
Ayrıca Fen, Mühendislik, Sağlık Bilimleri ve Tıp öğrencilerine sosyal çalışma dersleri vermiştir. 1969’da Doktor, 1976’da Doçent ve 1981 yılında Hacettepe Üniversitesi Senatosunca Profesörlüğe yükseltilmiş ancak Kenan Evren tarafından onaylanmamıştır.
24 Nisan 1996 senesinde Hacettepe Üniversitesi Sosyoloji Bölümüne eylemli Profesör olarak geri dönüş yapmıştır.
2000 yılında emekli olmuş ve Cumhuriyet Gazetesinde Aydınlanma isimli sütun ile köşe yazarlığına adım atmıştır.
1 Eylül 2001 tarihinde Cumhuriyet Gazetesi Yayın Kurulu Danışmanı oldu.
2011 tarihinde, emekli olduktan sonra saat başı ücretli olarak ders vermeye devam ettiği Yıldız Teknik Üniversitesi’nden de ayrıldı. 2000’li yıllarda Müjdat Gezen Sanat Merkezi’nde de fahri olarak hocalık yaptı.
1975 yılından itibaren çeşitli işçi sendikalarında vermekte olduğu demokrasi eğitimi”ni bugün de sürdürmektedir. 2005 ve 2011 arasında NTV’de Mehmet Barlas’la birlikte Yorum Farkı isimli programı yapmıştır. 2012 yılından itibaren CNN Türk’te Dört Bir Taraf isimli programında yer almaya başlamıştır.
Emre Kongar evli ve iki çocuğu vardır.